Posljednje desetljeće prošlog stoljeća bilo je turbulentno. Jugoslavija se raspadala, stvarala se Hrvatska, a pripadnici Kohorte u tome su također imali ulogu. Neki od njih, na žalost, položili su svoj život na oltar domovine. Dvije prijeratne godine obilježio je prekid utakmice protiv Crvene zvezde u Gradskom vrtu zbog bakljade. Kako bi se susret nastavio, Kohortin jugoistok morao je biti ispražnjen.

Početkom borbe za hrvatsku samostalnost Kohorta je šalove i zastave zamijenila oružjem i bila među prvima koji su stali na branik domovine. Kada je u proljeće 1992. utemeljena Hrvatska nogometna liga, većina navijača Osijeka još je bila u odorama HV-a, ali to ih nije spriječilo da u velikom broju prate Osijek po Slavoniji. Naime, bijelo-plavi u to vrijeme zbog izravne ratne opasnosti nisu mogli igrati u Gradskom vrtu, nego su svoje prvenstvene utakmice kao domaćini odrađivali u Đakovu, Donjem Miholjcu i Kutjevu. Podrška Kohorte, naravno, nije izostala. Te, devedesete, godine općenito su bile dobre. Osijek se od 1994. uvijek borio za Europu, a iz sezone 1994./95. pamti se odlazak navijačkog vlaka u Kranjčevićevu na utakmicu protiv Zagreba. Procjenjuje se kako je na tom susretu bilo 1500 navijača Osijeka. U tom razdoblju dogodila se još jedna veća seoba osječkih drukera. Bilo je to 1999. na finalu Kupa u Zagrebu protiv Cibalije. Osijek je osvojio prvi trofej u klupskoj povijesti i proslavio ga s 3000 svojih pristaša. U Gradskom vrtu Kohorta se u tom desetljeću vratila na sredinu istoka.

Bilo je spektakularnih i zanimljivih navijačkih priča, poput ritualnog paljenja lijesa s natpisom Dinamo. Iz toga desetljeća datiraju i posljednje prvenstvene utakmice na kojima se u Osijeku redovno skupljalo 10.000 gledatelja. Poslije će se takve brojke biti samo na europskim susretima. Tih godina, točnije, 1995., Osijek je prvi put kročio i na europsku scenu, pa su počeli i europski izazovi za navijače. Pamti se posebno odlazak u London (jesen 1999.) kod West Hama, kada se cijeli tada Upton Park poklonio Kohorti i njezinu navijanju, koje nije prestajalo tijekom cijelog susreta. Inače, te godine 1999. zbio se još jedan vrlo važan događaj - Kohorta je dobila pravnu osobnost postavši Udruga građana.